《南朝寺考》是清末学者刘世珩所撰专门考订南朝建康佛寺的历史地理专著，全书共六卷，光绪丁未（光绪三十三年，1907）刊刻，收入刘氏自辑的埾庼丛书，书题由瞿鸿禨题写签与书名，溥良题内签，是研究六朝金陵佛教史、建康城邑古迹的核心文献。
本书聚焦南朝宋、齐、梁、陈四代建都建康（今南京）时期营建的众多寺院，以时代为线索，以寺院为条目，广征博引历代正史、僧传、地志、碑刻、类书、金石杂记，逐一考证建康诸寺的始建年代、地理位置、创建之人、沿革变迁、寺内碑像与高僧事迹，厘清寺院兴废源流，辨析旧说讹误，补正前代地志、佛教典籍记载的矛盾与缺漏。南朝建康佛寺极盛，梁代尤称鼎盛，历经侯景之乱、隋平江南，大量伽蓝毁于战火，隋唐之后古寺遗址多湮没，后世文献记载往往零散、传闻互异，刘世珩有感于南朝四百八十寺的历史记载多有混淆，遂搜罗群籍，专门梳理建康一域佛寺的始末。
全书卷首载自序，自述撰作缘起：他游历江南，寻访六朝遗迹，阅览《江南春》等诗文，感慨南朝四百八十寺的旧迹零落，寻访金陵古寺残基，遍览僧传、地记，将寻访见闻与文献记载相互参证，汇集史料，考辨异同，撰成此书。正文以卷一开篇，先考述法性寺、建初寺等建康早期名刹，每一条目之下，先录旧记原文，再附考证文字，辨析建寺时代、方位、寺名异称，辨析后世方志附会、年代错记的问题。书中对每座寺院，不仅记录创建者、建造时间，还连带记载驻寺高僧、造像碑刻、殿塔建筑，以及寺院在陈亡之后，历经隋唐宋元的存毁变迁，部分条目还收录寺碑碑文、高僧传记片段，兼及佛教译经、弘法事迹，把寺院史和南朝佛教传播、士大夫奉佛的社会背景结合起来。
在考证方法上，本书兼顾文献考据与古迹实地探访，区分文献原始记载与后世附会传说，对《高僧传》《续高僧传》《建康实录》《元和郡县志》《景定建康志》等新旧史料进行比对勘误。例如书中对法性寺、建初寺等古寺，辨析其始建于吴晋、延续至南朝，以及唐宋时期寺名更改、寺址迁移、毁废重建的完整脉络，纠正后世方志将不同时代寺院混为一谈的谬误；对寺院碑碣、造像，考证立碑年月、撰书人，厘清碑刻记载与史书的异同。
从学术价值来看，此书汇集了大量散见的六朝佛教史料，系统整理建康佛寺地理，既可以作为南京六朝古都城市地理研究的重要参考，也为南朝佛教史、江南寺院建筑史、金石碑刻研究提供集中的史料汇编。清代乾嘉以来，金石、六朝地志之学兴盛，但专门系统考订南朝建康寺院的专著并不多见，刘世珩此书，将佛寺的兴废置于建康城邑变迁的大背景之下，不只是单纯罗列寺名，而是以寺为纲，串联高僧、碑刻、建筑、朝代更迭，把战乱、帝王奉佛、士民信仰和寺院兴衰结合论述。
版本层面，此本为光绪三十三年刘氏埾庼丛书自刻本，写刻精雅，为晚清精刻本，瞿鸿禨手书书名，溥良题签，版式为线装写刻本，书中设考证专条，随文附考，体例严谨。全书六卷，系统考录南朝建康可考的寺院，旁征博引，辨析精审，是近代研究南朝金陵佛寺最专门的一部著作，后世研究六朝建康、江南佛教，多以此书为重要参考文献。
本书的局限在于，部分古寺遗迹在晚清已经完全湮灭，只能依赖传世文献推求，无法借助考古发掘印证，部分争议问题只能存疑待考，但在文献整理与史料考辨层面，依旧是南朝寺院研究的集大成之作。