此书为明代吴有性（字又可）所撰，是中国医学史上首部系统阐发急性传染病理论的专著，成书于明崇祯十五年（1642）。今此版本属于清乾隆年间天都黄晟校刊《醒医六书》丛书本，全书分为上、下二卷，另附《补遗》一卷，是流传极广的经典古本，海外庆应义塾大学富士川文库有完整藏本，即图中所见刻本。
全书立足于明末疫病大范围流行的临床观察，突破魏晋至明代长期沿用的 “外感不外六淫、瘟疫隶属于伤寒” 的传统框架，首次系统提出戾气（疠气）致病学说。吴氏明确提出：瘟疫并非风、寒、暑、湿等常规外感邪气所致，而是天地间特有 “异气（戾气）” 引发；邪气经由口鼻侵入人体，伏于膜原，具备强烈传染性，区分 “天受（环境感染）” 与 “传染（人际接触）” 两类感染途径，这一理论远远超越同时代医家认知，直接奠定后世温病学派的理论根基。
上卷共计五十篇，以《原病》为全书总纲，辨析瘟疫与伤寒本质区别，阐释戾气致病机理、传变规律、典型证候与基础治则，剖析疫病初起、传变、表里证辨别要点，创立著名的达原饮，针对邪伏膜原证开辟全新治法；同时厘清千百年来医家混淆伤寒、瘟疫的诸多误区，指出历代医书多将瘟疫附于伤寒门类，辨证用药极易误治。 下卷三十五篇，侧重论述瘟疫各类兼证、变证、后遗症，讨论妇人、小儿罹患瘟疫的特殊证治，辨析疫病诸多疑似病证，探讨疫后调理、复发病机，并且辨析疫病命名、疫疠与杂病的界限，完善疫病辨证体系。 附《补遗》一卷，为吴氏后续补充的临床心得，针对前文未尽的证治方案、鉴别要点加以增益，进一步完善疫病救治理法。
辨证体系上，本书创立表里九传学说，总结疫邪在人体内多种传变路径，不固守伤寒六经辨证；治疗核心思想重在 “逐邪外出”，主张尽早祛除疫毒，灵活运用疏利、攻下、清化诸法，反对过早使用补剂闭门留寇，书中所载达原饮、三消饮等方剂至今仍广泛运用于感染性疾病临床。
从版本角度来看，《醒医六书》本是《瘟疫论》重要通行版本，卷首收录年希尧序言，即图中开篇手写序文，另有《醒医六书瘟疫论引》，题署 “具区吴有性又可甫著，天都黄晟晓峰校刊”。全书为清代木刻线装，半叶九行二十字，版式规整，校勘精细，后世诸多重刊本、校注本多以此本作为底本参校。该本很早就传入日本，得到江户时代汉方医家重视，如今海外留存善本具有极高文献价值。
在中医学发展脉络中，《瘟疫论》打破伤寒学说一统外感热病的局面，开启独立的疫病研究体系，深刻影响戴天章、叶天士、吴鞠通等清代温病大家，直接催生温病学说成熟；在传染病医学史上，早在显微镜发明之前，便通过临床观察推导出特异性致病邪气、呼吸道传播、隔离防传染等重要观点，具有划时代意义。